非典的治疗目前针对SARS冠状病毒尚缺乏有效的抗病毒药物，早期可以试用蛋白酶抑制剂，比如洛匹那韦以及利托那韦，目前利巴韦林疗效还不肯定，对于重型的病例可以试用一些免疫增强的药物，比如胸腺肽以及静脉用的丙种球蛋白，但是疗效其实也没有肯定，不推荐常规使用，对于有些患者恢复期的血清可以尝试应用，但是风险和疗效还有待评估。
此外，还有对症治疗，患者如果有咳嗽可以给予镇咳药，如果咳痰比较明显，可以应用一些祛痰的药物，发热的患者可以给予物理降温，如冰敷、酒精擦浴等。如果体温超过38.5℃也可以给予药物降温，但是儿童一般禁止使用阿司匹林，避免引起瑞氏综合征，对于有缺氧的患者要及时给予吸氧，有严重的感染、中毒症状以及高热三天持续不消退，还有48小时肺部病变有明显进展或者出现了急性肺损伤、ARDS的患者可以适当应用糖皮质激素治疗，但一般不超过四周。