病毒性结膜炎的临床表现主要是发病比较急，症状较重，通常是双眼先后发病，可以出现眼红、畏光流泪，并且伴有大量的水样分泌物。疾病早期常是一眼先发病，数天后对侧眼也可以发病，传染性极强。
急性期眼睑及球结膜可以出现水肿，充血严重时可以出现结膜下出血。腺病毒感染的流行性角膜角结膜炎，还可以导致角膜出现弥漫性的斑点、上皮损伤。
如果此时结膜炎症没有得到控制，会向深层角膜基质浸润造成视力不可逆的恢复。