功能性消化不良的治疗有：
1、伴有上腹胀、嗳气、早饱等症状，可服用促胃肠动力药物，如莫沙必利、多潘立酮等，可调节或恢复胃肠道的正常活动。
2、伴有上腹痛症状，可服用抑制胃酸分泌的药物，质子泵抑制剂如奥美拉唑、泮托拉唑等，也有保护胃黏膜的作用。
3、胃黏腻保护剂，如胃铋剂。
4、促消化药物，该药有促进消化作用，如健胃消食片、复方消化酶等药物。
5、益生菌，可改善胃肠道生态平衡，用于菌群失调引起的肠功能紊乱。
6、养成良好的饮食习惯，避免烟酒，服用特殊药物，多食清淡、低盐、低脂等食物，避免暴饮暴食。
7、适当的运动和充足的睡眠，避免过度劳累。