婴儿肠套叠最早期症状是腹部疼痛或者哭闹，因为婴儿肠套叠在症状刚出现时，套入的肠管并不是很多或者患儿并没有形成完全性肠梗阻，有可能表现在右下腹或者肚脐周围疼痛，有可能疼痛性质比较轻，但是婴儿会伴有哭闹等症状。
如果病情进一步发展，套入的肠管继续增多，就会形成完全性肠梗阻症状，腹部包块会继续增大，婴儿会出现恶心、呕吐、腹胀甚至有肛门停止排气、排便的典型症状，需要及时到医院来进行检查和治疗。