核磁共振主要用于疾病的诊断，对于神经内科疾病的诊断具有明确的意义。比如脑血管疾病、脑出血和脑梗死患者早期进行头核磁共振检查，可能会明确诊断。如果考虑是脑肿瘤，通过核磁共振普通扫描或者强化扫描也可能会得出明确的诊断。
也可以用于其他疾病，比如对于脊髓病变诊断也有意义，可包括脊髓受压，比如脊髓内占位性的病变，椎间盘突出患者也可以检查。也可以用于检查其他部位的器质性病变，比如肝脏内的病变也可以应用核磁共振。对于空腔脏器一般不适合检查核磁共振，比如肺部病变和心脏病变等。