新生儿胆汁淤积的治疗主要是治疗引起胆汁淤积的原发病。常见的引起新生儿胆汁淤积的病因有肝胆系统的疾病，如新生儿先天性的胆道闭锁或者是先天性的胆管囊肿等都可以导致新生儿发生胆汁淤积。
这种情况下，尤其是先天性胆道闭锁主要是要外科进行手术治疗，这样才能解除梗阻的原因，从而促进胆汁排出，胆汁淤积是由肝脏疾病导致的，如肝内毛细胆管狭窄或者是肝内毛细胆管发育不良也可以导致胆汁淤积，往往可以做胆管的冲洗等对症治疗。
最后是静脉营养相关的胆汁淤积，如早产儿出生以后应用静脉营养时间比较长，可以导致胆汁淤积。总之，导致胆汁淤积之后，主要是治疗原发病，对症治疗，可以用去胆药，如熊去氧胆酸以及其他的保肝药，关键是要查明胆汁淤积的原因并及时治疗，以防到后期要进行肝移植。