脑血栓的预防方法主要是要服用抗血小板药，目前常用的有阿司匹林和氯吡格雷。此外他汀类的药物较重要，有各种他汀，例如阿托伐他汀、瑞舒伐他汀，它有降血脂的作用，同时还有抗动脉硬化，稳定斑块的作用。
此外，如果脑血栓的病人合并有高血压，还应该积极控制血压，主要是用药物治疗，包括各种的降压药物。除了以上的方法，还应该针对各种危险因素进行预防，例如高同型半胱氨酸血症、高尿酸血症，糖尿病等。除此之外，健康的生活方式也是非常重要的，要戒烟、戒酒，低盐、低脂饮食，运动等等。