庆大霉素对于细菌性结肠炎确实属于特效药，效果比较明显。但是目前基本上医疗上停止使用庆大霉素，主要的原因就是由于庆大霉素虽然非常有效，副作用也比较大。最明显的就是耳毒性和肾毒性，长期使用或者是按规律疗程使用后会导致听力下降，不可恢复的耳毒性或者肾功能影响，造成肾功能衰竭也有可能。
目前庆大霉素虽然治疗细菌性肠炎比较有效，但是目前基本上不作为推荐，大部分还是推荐喹诺酮类的药物，比如氟哌酸，也就是诺氟沙星，或者给予头孢类的药，比如头孢孟多、头孢呋辛、头孢他啶等。