儿童支原体感染的治疗首选是大环内酯类的抗生素，代表药物有红霉素、罗红霉素和阿奇霉素，一般疗程是2-3周。因为肺炎支原体没有细胞壁，普通的青霉素或者是头孢菌素类抗生素对于支原体是无效的。
对于剧烈呛咳的患者，可以适当的给予镇咳药物。如果继发细菌感染，可以根据病原学检查，比如说痰涂片或者是是痰培养，选择针对性的抗菌药物进行治疗。一般来说肺炎支原体感染具有一定的自限性，多数病例不经过治疗也可以治愈，使用适当的抗菌药物可以减轻症状、缩短病程。