子宫内膜异位囊肿是卵巢型子宫内膜异位症的典型病理改变，因为内膜在卵巢皮质内生长，出现周期性出血，以至于形成单个或多个囊肿，称为卵巢子宫内膜异位囊肿。典型情况下，陈旧性血液聚集在囊内，可形成咖啡色黏稠液体，似巧克力样，俗称卵巢巧克力囊肿。如果出血新鲜，囊内液也可为暗红色细胞状。
此外，由于其它卵巢囊肿发生内出血，也可以表现为巧克力样，最终的诊断需要进行组织病理学证实。卵巢子宫内膜异位囊肿大小一般在5-6cm以下，最大直径可以达到25cm左右，囊肿表面可呈灰蓝色，囊肿张力比较大，囊壁厚薄不均，易反复形成小的破裂，过量以后刺激腹膜，可呈炎性反应。