子宫内膜异位症的手术分为很多种手术途径以及切除的范围，可以选择腹腔镜，也可以选择开腹手术。开腹手术的好处是能够借助于手的触感，对于肉眼下不易发现的结节够提前给予处理，但是腹腔镜的手术的优点在于经过一个很细的纤维镜，能够探查到几乎整个腹腔和盆腔，视野会更为开阔，所以实际上手术的途径各有利弊。
就手术的切除范围而言，也需要看待子宫内膜异位症所累及的范围，比如有一部分是盆腔的子宫内膜异位症，大多数需要将盆腔的粘连进行松解，而粘连的松解有可能会损伤到周围的脏器，比如膀胱、输尿管或者损伤到肠管等，所以具体术后几天能够恢复或者是几天能够出院，还是须要看待手术范围的大小。
如果已经累及了肠道，有可能会需要进一步的治疗，手术之后住院的时间也会比较久。如果是进行了子宫腺肌症的子宫切除手术，相对而言对于周围脏器的损伤并不是特别严重，所以病人术后大约4-5天可以出院。如果是卵巢上的子宫内膜异位囊肿，也须要看待与周围组织脏器粘连的程度，来决定术后能够恢复的时间。如果与周围的脏器并没有很明显的粘连，术后1-2两天能够正常排气，就可以出院。如果像盆腔的子宫内膜异位症一样，转移以及粘连的位置比较严重，也有可能会因为出现并发症而相应的延长住院时间。