肛窦炎患者口服药物以消炎消肿、活血化瘀、润肠通便为主，消炎药物可口服头孢类消炎药，如头孢克肟、头孢拉定等，抗厌氧菌药物，如甲硝唑、替硝唑等消炎消肿。可口服槐角丸、迈之灵、痔根断等药物减轻肛门区充血、肿胀，改善循环并消除感染。
此外，肛窦炎患者需口服润肠通便药物，保证排便通畅，避免出现便秘，引起干硬粪便损伤肛门区皮肤黏膜，导致感染加重，可口服乳果糖、番泻叶、果导片等药物。多喝蜂蜜水，都有助于软化粪便、促进排便。