当人在被阿米巴原虫污染的水中游泳时，阿米巴病原体通过鼻黏膜沿着没有髓鞘的嗅神经，突破筛板，从而到达颅内含脑脊液的亚蛛网膜腔，最终扩散入侵中枢神经系统，引起脑膜脑炎。早期因病变侵入部位的原因，首先会出现嗅觉和味觉的异常，然后会出现高热，癫痫持续发作和喷射状呕吐等症状，继而可出现全身性的或局限性的癫痫发作，并且有明显的脑膜刺激征，比如颈强直，克布氏征阳性等，大多数患者在数天内出现谵妄，瘫痪到昏迷。本病的死亡率非常高，病程很短，一般在一周内死于严重脑水肿所引起的呼吸循环中枢衰竭，预后极差。