灰指甲在医学上叫做甲真菌病或者甲癣，是由皮肤癣菌或者其他致病真菌感染甲板所引起的病变，所以灰指甲的病因就是真菌感染，主要分为三大类真菌，具体如下：
第一、皮肤癣菌，包括红色毛癣菌、须癣毛癣菌、絮状表皮癣菌等，其中红色毛癣菌是占首位的；
第二、酵母菌，主要包括念珠菌以及马拉色菌；
第三、其他的真菌多数是外伤等感染所致，包括顶孢霉、短帚霉等也可以感染指甲，导致灰指甲的形成。
至于具体的感染途径，一方面可以由自己本身的手癣、脚癣直接的蔓延到指甲上引起，另一方面，也可以是通过和其他人的接触，比如患有手足癣、甲癣者的鞋袜、手套等传染，指甲受外伤或者其他甲病导致缺损，也是容易感染灰指甲的。