治疗儿童矮小症应该明确病因后对症治疗：
对于因为缺乏生长激素而形成的矮小症，应当适当给孩子补充生长激素。
针对甲状腺功能低下而引起的矮小症，可以在医生的指导下服用甲状腺素片。
还有一种治疗方式是营养方面的治疗，要先对孩子进行营养评估，日常生活中也应该加强孩子的营养，平时应该让孩子多吃含有高蛋白的食物，比如豆类、奶类等物质，因为蛋白质是儿童生长发育的基本要素，并且也是骨骼和肌肉生长的能量。
另外也可以采用中医的方式进行治疗，采用去病因治疗方式以增强孩子消化功能和调整营养膳食为主，从而增加孩子的食欲，以防止营养不良。