目前应用于治牙周炎的全身口服药物包括抗菌类药物，也就是消炎药。
首先是硝基咪唑类的药物，包括甲硝唑、奥硝唑和替硝唑。
第二类是四环素族的药物，包括四环素、米诺环素和多西环素。
第三类药物是青霉素类的药物，目前应用于牙周治疗的主要是阿莫西林。第四类是大环内酯类药物，包括螺旋霉素和罗红霉素。
目前也有用于治疗牙周炎，不是抗菌药物，是调节宿主防御反应的调节免疫力药物，还有中药治疗牙周炎，包括固齿丸、固齿膏等。治疗牙周炎的药物，用于口服的药物就是以上几种。