新生儿感染的时候，避免使用的抗菌药物如下：
1、新生儿禁用或慎用的抗菌药物：禁用的抗菌药物如喹诺酮类，代表药物有氧氟沙星等，在新生儿期基本禁用。
2、有毒副作用的药：对新生儿副作用相对比较大，但是又没有条件监测血药浓度的抗菌药物，如氨基糖苷类中的硫酸丁胺卡那霉素、硫酸庆大霉素等，可以造成新生儿的肾毒性，尤其是可以造成耳毒性，导致新生儿耳聋。
3、对病原菌不敏感的药物：如新生儿李斯特菌感染对头孢类不敏感，所以在有条件的情况下尽量取得病原菌，可以做体液、痰液或者脑脊液等相关培养。如果能明确找到病原菌，按照药敏试验以及结合新生儿的年龄段可以使用的抗生素，选择有效的抗生素，这是最好的方式。