目前在临床上，对于溃疡型结肠炎一般不提倡采用艾灸治疗。因为溃疡性结肠炎是一种自身免疫性肠病所引起的，通常确切的发病原因并不清楚。对于溃疡结肠炎的治疗主要是采用西药治疗，尤其是美沙拉秦为主，目的是控制症状，同时饮食上需要避免进食过于油腻、辛辣、刺激性的食物，保持大便的松软通畅，定期行肠镜检查，因为溃疡结肠炎有可能会形成息肉，甚至进一步发展会形成恶变，如果采用美沙拉嗪等药物治疗无效时或者是症状控制不佳时，可以考虑行腹腔镜下全结肠切除手术治疗，从而达到缓解症状的目的。
艾灸一种中药中医疗法，其主要目的是通经活络、舒筋活血。至少目前无论在理论上还是在临床实践上，对于溃疡性结肠炎的治疗并没有确切的依据，也达不到可靠的治疗效果。所以在临床上，一般对于溃疡结肠炎不提倡采用艾灸治疗。