尖锐湿疣手术时会注射麻药，不会感觉疼痛。一般当皮损发生的范围小时也不需要进行手术治疗，如果尖锐湿疣的分布比较广泛，药物及冷冻治疗无法去除皮损，则可以选择手术切除。
手术的成功与尖锐湿疣的数量有关，当数目较小且体积较小时手术成功率更高，需要额外治疗的可能性也更小。不过手术后一般也需要继续药物治疗，如果有高危型人乳头瘤病毒，引起子宫颈细胞涂片结果异常，则可以考虑进行手术治疗，手术时往往需要麻醉，所以一般不会感觉疼痛。另外，手术也可以增加尖锐湿疣的扩散概率，因此患者在手术前应当充分和医生探讨可能的收益和风险，做出最佳选择。