支原体感染由于感染的部位不同，感染的人群不同，症状也不完全一样的。如果支原体感染引起的是呼吸系统的症状，主要表现有发热、咽痛、咳嗽、头痛、肌肉酸痛、乏力等症状，其中以刺激性干咳为主要症状，发热的热程长短不一，一般1-3周左右。
如果是孕妇感染病原体，可以导致母亲和胎儿同时出现被感染的情况，胎儿在宫内可以受到影响，导致早产、流产，胎儿出生之后，新生儿期就会出现有发热的症状。
此外，重症的支原体感染，可以合并有支原体感染的中枢神经系统性炎症，比如无菌性脑炎，或者合并有其它的肺外表现，比如吉兰-巴雷综合征、肾炎等。