尿道下裂的主要症状，包括尿道开口位置的异常，通常尿道开口位于阴茎头下方的任何部位，甚至可以位于阴囊，阴茎向下弯曲畸形，尿道下裂患者由于尿道沟融合障碍，尿道口以远的尿道海绵体，阴茎、筋膜、肉膜发育不全，造成不同程度的阴茎下弯畸形，以及包皮的异常，尿道下裂患者腹侧包皮通常缺如，包皮向阴茎背侧退缩，称之为头巾样包皮。
有时尿道下裂患者也会伴有阴囊的分裂，阴茎、阴囊错位等畸形，通常尿道下裂有时也有可能合并一些其他的泌尿生殖系统畸形，或者消化系统骨骼肌肉系统畸形等。