扁平疣发红、发痒，如果排除了局部外用药物刺激及摩擦刺激这些外界因素，很可能是由于机体自身的免疫状态变化，使淋巴细胞聚集在病毒疣疣体的周围，使淋巴细胞和病毒发生了一场战争，所以出现了局部的发红、发痒。
如果淋巴细胞能够战胜病毒，把病毒清除掉，结局就是扁平疣可以自己慢慢消退。如果淋巴细胞不能战胜病毒，淋巴细胞被打败了，病毒会进一步的扩增、繁殖，结局就是扁平疣的皮损进一步增多。如果扁平疣出现发红、发痒的现象，有可能是快要好了，也有可能是皮损进一步发展加重。