肺炎衣原体感染时可以引起上呼吸道症状和下呼吸道感染症状，如咽喉炎可以出现声音嘶哑、咽喉肿痛，还可以出现鼻窦炎、中耳炎表现出鼻塞、流涕、耳跟部疼痛、听力减退等。随着感染向下呼吸道蔓延，可以逐渐出现咳嗽症状，咳嗽程度剧烈、痰少，因剧烈咳嗽出现喘闷不适，还可以出现不同程度畏寒、发热、头痛、全身酸软无力、纳差等症状。老年人和伴有慢性基础疾病患者临床症状较重，可以并发心肌炎、脑膜炎、心内膜炎产生相应临床症状，危重症患者可以出现昏迷而危及生命。