核磁和CTA是两种成像原理不同的检查方法，核磁利用的是人体内大量的氢原子核在外加磁场的作用下运动而成象。
CTA应用的是放射线，它是检查颅内段血管的CT检查方法，在CT下静脉注射造影剂之后进行动脉造影成像，并三维重建观察动脉的一种检查方法。核磁属于无创性检查，CTA属于有创性检查。
核磁可用于全身多脏器的检查，其中对脑血管的检查利用的是磁共振血管成像原理，通过流空效应对脑血管显影。
虽然都可以用于血管病变的检查，判断血管有无狭窄和畸形，但是核磁的分辨率稍微比CTA差一些，对于血管检查最准确的还是脑血管造影。