如果是小型的室间隔缺损，患者及患儿通常没有相关的症状，仅可在仔细听诊时，可以在胸骨左缘第2-4肋间听到明显的收缩期杂音。
如果是中型的室间隔缺损，患者通常也无明显症状，仅在运动后或者剧烈活动后出现气促，部分成人患者可伴有劳力性呼吸困难。
如果是较大的室间隔缺损，心脏血流动力学会受到严重的影响，在没有经过系统的专业治疗情况下，存活到成人期的患者比较少见。
发展到晚期的患者可以出现明显的紫绀，并有明显的呼吸困难及活动耐量下降，甚至会出现静息下呼吸困难的情况。