扁桃体结石是慢性扁桃体炎的一种表现，多发生于扁桃体上隐窝中，长期处于阻塞、分泌物引流不畅，导致干酪样物积聚至不易溶解的钙、镁等无机盐沉积而形成结石，其核心可为小异物脱落的上皮细胞或细菌等。
再有纤毛菌丝的周围也常可发生结石，它的主要病因是细菌感染、药物和年龄。常见的症状有：吞咽困难、张口困难、耳朵疼痛、咽疼、口臭。
细菌感染，由于食物残渣容易导致细菌，长期以往可以引起细菌感染。药物因素，高血压药、止疼药和抗抑郁的药等等都可以造成扁桃体结石。
成年人扁桃体更大，扁桃体表面凹凸不平，随着扁桃体生长，这些坑坑洼洼的也会变得更大，使食物更容易残留在里面形成结石。