对于临床上常见的引起尿路感染的致病菌，分为病毒、细菌、真菌、寄生虫等几类，其中细菌最常见。在细菌中最多见的是革兰氏阴性杆菌，包括大肠杆菌，也叫大肠埃希菌，其感染几率能占一半以上。然后是肺炎克雷伯菌，以及其他的细菌，比如肠球菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌等。
除了上述常见的细菌之外，对于免疫力低下或者长期使用抗生素的患者，真菌感染也经常被发现，所以对那些经验性使用抗生素治疗之后，症状不见缓解，化验指标不见明显改善的患者，就要考虑真菌感染的可能性。除此之外，比较少见的还有寄生虫、病毒等其他的感染，这些在临床上占的比例相对比较小一些。