无痛胃镜在操作前，需要通过静脉使用短效的麻醉药物或者是镇静药物。但是如果对麻醉药物或镇静药物过敏，则有可能会出现过敏反应，如皮疹、呼吸困难，甚至引起过敏性休克可能。
七十岁以上的患者建议不做无痛胃镜，防止相关并发症的出现，如药物过量引起麻醉过度或诱发原有疾病急性发作等。
进行胃镜检查中，可以引起消化道黏膜破损或出血情况。此外如有严重的心肺疾病或出血性疾病没有控制好，或近期有口服阿司匹林、华法林，或有消化道大出血、有精神神经疾病者。这时建议不要做无痛胃镜，防止出现这些原有疾病加重，甚至导致死亡的可能。