新生儿肠闭锁的后遗症主要包括肠粘连、肠梗阻、感染、肠穿孔、腹膜炎，以及生长发育迟缓等，主要分析如下：
1、肠粘连及肠梗阻：新生儿肠闭锁往往需要外科手术治疗，由于肠壁比较薄，所以在术后很容易发生粘连及再次梗阻。
2、感染：手术后也容易发生感染。
3、肠穿孔：肠闭锁术后也容易出现肠穿孔。
4、腹膜炎：如果术后发生肠瘘，很容易造成感染性的腹膜炎。
5、生长发育迟缓：肠闭锁术后有时候容易发生肠狭窄，所以会导致新生儿喂养不耐受，如发生呕吐或者是导致体重增长不良，从而发生宫外生长发育迟缓。
所以，新生儿肠闭锁的后遗症相对比较多，确诊后要早期手术，术后动态观察相应的并发症，并再次做积极治疗。