支原体肺炎应用抗生素的疗程至少一周以上，同时要结合患者的临床症状，如咳嗽、咳痰、胸闷、气喘、发烧的症状是否得到明显改善，一些炎症指标，如白细胞、降钙素原是否恢复正常，通过影像学检查胸片或者肺部CT，判断炎症病灶是否得到吸收。
如果患者的临床症状、影像学检查、实验室检查，均提示病灶明显得到改善，这个时候就可以停用抗生素。如果患者的临床症状、影像学检查、炎症还没得到充分吸收，就应该适当延长抗生素的疗程。