生理期发生性行为最主要的危害就是盆腔感染。生理期女性处于盆腔充血的一种特殊状态，此时月经血从宫腔自宫颈流经阴道排出体外，此时有性行为容易导致经血逆流，容易使阴茎上携带的病毒或者致病菌，通过逆行感染到达阴道、宫腔。
甚至通过输卵管到达盆腔、腹腔，所以，在一定程度上增加了阴道炎、宫腔炎，甚至输卵管炎、附件炎和盆腔炎的发生几率。另外，生理期发生性行为可以导致月经血逆流，在一定程度上和盆腔、腹腔的子宫内膜异位症的发生有关系。