睾丸萎缩要针对原发病进行治疗，才能够阻止其萎缩进一步恶化，但是已经萎缩的部分通常很难再恢复正常。睾丸萎缩常见的原因是感染精索静脉曲张以及隐睾，针对感染可以进行抗感染治疗，比如腮腺炎所导致的病毒性睾丸炎，可以抗病毒治疗。细菌或者支原体衣原体引起的睾丸炎，可以进行抗菌素的治疗。精索静脉曲张所导致的睾丸萎缩，可以作精索静脉高位结扎术，阻止睾丸萎缩进一步恶化。
隐睾所导致的睾丸萎缩，通常在幼年时期已经形成，只能做引导的下降固定术防止其癌变，但是已经萎缩的睾丸也很难恢复正常。其他的原因比如睾丸损伤、放射性损害、内分泌系统的疾病，以及使用一些有毒、有害的物质，比如雌激素类，乙烯酚、砷剂、放射线等等，这些都有可能不同程度导致睾丸萎缩。只有去除这些影响的原因，积极治疗原发病，修复损伤，这样才能保住睾丸残余的功能。睾丸萎缩以后生精功能常常会受到重创，但是内分泌功能一般能够保存一部分，所以睾丸萎缩并不一定都要进行切除。