儿童川崎病是自限性疾病，绝大多数预后良好可以根治。如果没有合并冠状动脉病变的儿童，一般在出院以后一个月、三个月、六个月，最多两年进行全面的复查。一般复发率仅仅是1%-2%，两年之内如果没有复发，就可以认为彻底治愈。
如果合并有冠状动脉扩张或者冠状动脉瘤的川崎病儿童，常常在病后两年之内自行消退。极少数可以遗留有冠状动脉血管壁增厚，或者血管壁弹性减弱的功能异常，一般也不需要特殊的治疗。再极少数的巨大冠状动脉瘤不容易完全消失，可以导致管腔狭小或者形成血栓，最终需要外科手术或者介入治疗。