卵巢囊肿的治疗根据不同的囊肿的类型，有不同的治疗方法：
1、随诊观察，对于卵巢的黄素化囊肿或者是卵巢的黄体囊肿，可以随诊观察2-3个月，多半囊肿能自行消失。
2、药物治疗，对于<5cm的子宫内膜异位囊肿，可以采取药物的方式进行治疗，如丹那唑或者是诺雷得等治疗3-6个月。对于炎症性质的卵巢囊肿，可以采用抗生素治疗或者是中药灌肠的方式进行治疗。
3、手术治疗，对于确定为肿瘤性质的卵巢囊肿，例如上皮性的卵巢肿瘤、畸胎瘤或者是颗粒细胞瘤等等，要采用手术治疗的方式，手术方式主要有卵巢囊肿切除术、附件切除术。如果是恶性，要考虑肿瘤细胞减灭术，术后辅以放疗或者是化疗。