腺肌症不是子宫内膜异位症，子宫腺肌症和内膜异位症有共同点也有不同点。它们相同的地方，因为都是来源于子宫内膜而引起的，所以都会随着月经周期而出现子宫内膜的剥脱，引起疼痛。
但是它们的疼痛会有一些不一样，子宫腺肌症是因为子宫内膜异位在子宫肌层里面，这些内膜本来是应该长在宫腔里面，会随着月经周期进行剥脱，而排出宫腔外，但是长在肌层里面就排不出来，使子宫肌层胀大，同时子宫肌层还有收缩作用，所以这种人在月经期的时候是疼痛非常厉害的，还会引起月经过多。这种痛经常常描述的是一种继发性、渐进性的越来越重的痛经。
子宫内膜异位症是指子宫内膜长到了除子宫以外的其他的器官，比方说卵巢、输卵管、肠管、输尿管等，常常异位在输卵管或者是卵巢上面，最多见的是卵巢，形成巧克力囊肿，这个囊肿会发生蒂扭转或者是破裂而形成一个急腹症，就是突然发生下腹疼痛来到医院来就诊，这是它们的区别。