不同程度的肛裂有不同的治疗方法，没有绝对的特效药。对于急性或初发肛裂患者的初始治疗，应以非手术治疗为主，大多数患者在数周之内可以痊愈。对于保守治疗无效，经久不愈且症状严重者，可以考虑手术治疗。
急性肛裂，非手术治疗是安全的，副作用比较小，通常作为一线治疗，比如坐浴、服用润肠通便的药物，可以联合局部麻醉剂等。早期轻症的患者，可以适当的增加膳食纤维和水的摄入，改善便秘的情况，养成良好的排便习惯。可以用1:5000浓度的高锰酸钾溶液坐浴治疗，起到杀菌、清洁肛门处皮肤、松弛肛门括约肌，有利于裂口愈合。局部用药治疗，对于疼痛剧烈的患者可以使用局部镇痛药，如利多卡因乳膏等，可以减轻疼痛症状。还可以在医生的指导下，使用0.2%的硝酸甘油软膏涂于肛裂患处。如果药物保守治疗无效的患者，可以采用手术治疗，手术治疗主要有肛裂切除术和内括约肌部分切断术。