室间隔缺损主要表现为左心室的血流经过缺损部位流向右心室，长时间的缺损会导致右心室的压力逐渐增加，导致肺动脉充血，使肺循环压力负荷增加、肺静脉回流增加、左心房扩大、左心室扩大、右心室压力进一步增加。
最终导致出现体循环缺血和肺循环淤血的症状。体循环缺血主要表现为外周重要脏器的供血不足，比如儿童生长发育迟缓、消瘦、乏力、出汗等。肺循环淤血表现为反复的呼吸道感染，长时间会导致下肢肿、肝大等全身性症状。
疾病到晚期右心室压力过大会形成右向左分流，也就是艾森曼格综合征，患者会出现青紫。