毛囊炎主要是由毛囊浅部细菌或者真菌感染所引起的，具体的致病菌包括常见的金黄色葡萄球菌感染引起细菌性毛囊炎，少数还有表皮葡萄球菌、链球菌、假单胞菌等感染，也可引起细菌性毛囊炎。
此外，马拉色菌还可引起真菌性的毛囊炎，具体发生毛囊炎的原因很多，一方面可能是外因，也就是局部因素，比如高温、多汗、皮肤搔抓、轻度的皮肤缺损、卫生习惯不良等，这些都可能导致毛囊炎的发生，另一方面从内因来讲，如果长期吃辛辣、刺激的食物，还有酗酒都可能引起毛囊类皮脂分泌增多，细菌滋生长在毛囊炎。如果患有慢性消耗性的疾病，包括肝肾疾病、贫血、糖尿病或者是器官移植术后长期的服用抑制免疫力的免疫抑制剂、糖皮质激素，都可能诱发毛囊炎。