克罗恩病是炎症性肠病的一种，其实克罗恩病从口腔到肛门的各个段的消化道都可以受累，当然回肠末端，还有小肠，以及邻近的结肠是最常受累的部位。病变多呈一种节段性的分布，但是除了肠道之外，消化道以外也会有临床的表现，典型症状在消化系统可能表现为就是腹痛，而且这种腹痛多呈间歇性的发作，也会有腹泻的表现。还会常见的首发症状就是肠梗阻，再有全身表现上，多数可以表现为发热和营养不良，这种营养不良就可以表现为体重下降，血里面白蛋白的下降、贫血，如果在儿童期发病，就可能会导致生长发育比较迟缓。
因为克罗恩病跟免疫系统有关，所以除了消化道之外，其他的多个系统都可能会出现一些表现。像口腔可能表现为反复的溃疡，脊柱关节也可能会受累，眼睛可能表现为像虹膜睫状体炎、葡萄膜炎，在皮肤上也会有表现，像常见的有结节性红斑、坏疽性脓皮病。同时，可能还会合并肝胆的疾病，像原发性硬化性胆管炎等。所以克罗恩病是免疫系统相关的疾病，除了胃肠道受累之外，可能还有全身的系统性表现，其症状来说是多样的。