如果是慢性扁桃体炎急性发作的时候，就是按照急性扁桃体炎类似的要抗炎治疗。可以使用抗生素类的药物，比如青霉素或者是头孢类的药物，如阿莫西林或者是头孢克洛、头孢呋辛、头孢丙烯等。
如果疼痛的严重或伴有发热，可以用布洛芬等消炎镇痛的非甾体类的抗炎药，必要的时候可以静脉用药，如果扁桃体炎反复的发作，或者是有扁桃体结石、口腔异味、长期的肿胀不适，可以通过手术的方式切除慢性炎症增大的扁桃体。