抗生素应用多少天会出现菌群失调，取决于应用抗菌药物的种类，以及患者的年龄、基础状态、所居住的病房等，由多种因素决定，不是单纯取决于抗生素应用了多少天。容易出现菌群失调的抗生素包括克林霉素、林可霉素、头孢菌素、阿莫西林、氨苄西林等，这几类抗菌药物出现菌群失调的几率比较高。如果患者本身是老年人、有严重的基础疾病、免疫功能低下、居住在ICU，有可能应用不到一周的时间就会出现菌群失调，但如果患者本身没有基础疾病，属于健康的人群，应用的时间可能就会延长，有可能应用两周都不会出现菌群失调。
对于大环内酯类的药物，比如复方磺胺甲恶唑，其他类的青霉素，比如四环素类、氟喹诺酮类、氨基糖苷类等，这些药物出现菌群失调的几率比较低，同等条件下有可能应用2-3周，都不会出现菌群失调。出现菌群失调的影响因素比较多，所以不能单看应用抗菌药物的天数，而是根据综合因素决定是否会出现菌群失调。