细菌性尿路感染分为下尿路感染和上尿路感染，下尿路感染一般推荐口服短程药物疗法，一线药物常采用磷霉素、呋喃妥因、左氧氟沙星、头孢地尼、头孢克肟等。绝大多数急性非复杂性膀胱炎患者，经过短程疗法后菌尿可以转阴。治疗期间患者要注意多饮水，可使用黄酮哌酯或托特罗定，缓解膀胱痉挛，减轻膀胱刺激症状。对于首次发生下尿路感染者，可以选择单次使用抗菌药物。对有多次发作史者，给予3-5日疗程可降低尿路感染再发率。
对于上尿路感染，通常首选静脉抗生素进行治疗，比如左氧氟沙星、头孢噻肟、头孢曲松、莫西沙星，以及氨基糖苷类药物，例如依替米星等。对上述成分过敏者，也可以考虑使用阿奇霉素、万古霉素等。待体温和症状控制正常以后，可再使用口服药物进行巩固治疗，口服药物可同下尿路感染的口服药物。