如果结膜炎成为慢性，治了很长时间都治不好，这种情况主要是两种最常见的原因。一种是可能是因为感染一些比较特殊的病原体，感染之后又没有使用对症的、有效的药物进行治疗。用的药一直都不是太对症，用的时间越长越容易产生药物的耐药性，这样会使结膜炎进展成为慢性的。
另一种可能是因为过敏造成的，也就是说慢性结膜炎是过敏性的结膜炎。在这种情况下还是要到眼科去就诊，做过敏原的检测，或者是前面原因造成病原体的培养检查，确定一下具体致病原因是什么，再根据致病的原因进行有效的治疗。如果查出来是哪种特殊的病原体，就要针对这种病原体进行选择有效的药物。如果是过敏性导致的，就要进行抗过敏的治疗，而且同时要避免过敏原的反复的接触和刺激。