慢性的根尖周炎，根尖周的组织由于受到炎性的刺激，会有局部骨质的破坏，然后会形成局部的炎性肉芽组织，就变成根尖周的肉芽肿。根尖周的肉芽肿可能会继续的发展，如果局部有一定的坏死液化还可能会形成脓液，就会形成慢性根尖脓肿，根尖脓肿还可能会通过牙槽骨然后突破牙龈，形成牙龈上的瘘道来引流转为慢性炎症，受到刺激也可能会转为急性炎症。如果慢性根尖肉芽肿还可能会继续发展，会形成根尖囊肿，囊肿就可能会不断的增大，就需要进行手术治疗来摘除囊肿。慢性根尖周炎主要会有慢性根尖肉芽肿、慢性根尖脓肿以及根尖囊肿的可能。有一些慢性根尖周炎如果由于机体的抵抗力比较强，或者根尖炎症减退，还会形成根尖的致密性骨炎。