呆小症和侏儒症的主要区别是发病病因不同，以及病人的智力水平有区别。呆小症是由于甲状腺功能减退，引起甲状腺激素分泌不足，从而导致病人出现明显的生长发育障碍，多发生在胎儿或新生儿。病人除了身材矮小以外，多伴有甲状腺功能减退的其他表现，如智力低下、反应迟钝、周身无力、手足肿胀、嗜睡、记忆力减退等。
侏儒症主要是由于生长激素缺乏导致，多在出生后或儿童期起病，病人表现在出生时身长和体重正常，在数月后生长迟缓，且身材矮小，体态一般均匀。成年后仍保持童年时的体型和外貌，出现性器官不发育或者第二性征缺乏，智力发育正常。