扁桃体结石虽然没有药物可治，但是可以预防。
比如规律刷牙，保证每天至少早晚各一次刷牙，尤其是睡前刷牙，可以足够彻底的刷掉舌根部聚集的活跃的细菌，每天饭后用温盐水漱口，清除细菌和口腔异物，减轻扁桃体不舒服的感觉。
进食前一定要洗手，最大限度减少感染的机会，以减少慢性扁桃体炎所带来的不舒服的感觉。
清淡饮食，尽量避免辛辣刺激、比较酸的食物，减少对扁桃体的刺激和伤害，保证充足的睡眠和进行适当的体育锻炼，可增强身体免疫力，减少扁桃体发炎或者结石复发的可能。