艾滋病(HIV)病毒比较容易出现变异。HIV病毒为双链的RNA病毒，复制过程中是以单链的RNA为模板，在RNA依赖DNA聚合酶的作用下，转录出DNA单链，再在DNA链上构建第二条DNA，形成双链的DNA。因为RNA依赖DNA聚合酶没有校验性，因此在逆转录过程中容易出错，每复制1000个碱基对，大概就会有一个出错，这些错误碱基的序列就导致HIV变异。
HIV的变异给HIV的抗病毒治疗提高难度，所以单用一种抗病毒药物治疗时，就比较容易出现耐药。所以目前针对于艾滋病的抗病毒治疗，是原则上采用联合高效抗反转录病毒的治疗方法，也称鸡尾酒疗法。一般会用三周以上的抗病毒药物进行治疗，经常采用的办法是两种核苷类抗病毒药物，再加上一种非核苷类抗病毒药物，或者加蛋白酶抑制剂，或者加整合免疫抑制剂。目前常用的药物是替诺福韦加上恩曲他滨，再加上依非韦伦片，或者是拉替拉韦钾片，或者多替拉韦钠片。