肾囊肿的治疗要根据肾囊肿的大小及肾功能情况而定，如果是早期，肾囊肿比较小，而且肾功能正常，对周围组织影响不大，也没有出现腰疼及反复感染的临床症状。
这种情况需要治疗，一般建议半年左右定期监测泌尿系彩超和肾功能，观察肾囊肿大小及肾功能的情况即可。
如果囊肿直径超过5cm，这种情况多会对周围组织产生压迫，从而出现腰部疼痛，同时引起尿路梗阻，这种情况的治疗以外科治疗为主，可行囊肿抽液术、囊内注射硬化剂等。
如果出现肾功能异常可以使用尿毒清颗粒、肾衰宁片或海昆肾喜胶囊等降肌酐治疗的药物，如果囊肿巨大且直径超过10cm以上，可能需要行手术治疗。