卵巢囊肿如何去除要根据卵巢囊肿的性质来决定，卵巢囊肿是生育年龄女性较为常见的妇科疾病，根据卵巢囊肿的性质不同，在临床上常见的卵巢囊肿有卵巢生理性囊肿、卵巢子宫内膜异位囊肿、卵巢炎性囊肿。卵巢生理性囊肿大多数发生在月经的后半期，往往经过2-3个周期的观察，在月经刚刚结束时进行复查，囊肿会缩小，甚至消失，因此卵巢生理性囊肿是不需要去处理。
卵巢子宫内膜异位囊肿或者称为卵巢巧克力囊肿，是盆腔子宫内膜异位症的一种表现形式，大于5cm的卵巢子宫内膜异位囊肿，或者有明显临床症状的囊肿，都需要进行手术切除。卵巢炎性囊肿通过抗生素抗炎治疗，大多数会缩小或者消失。如果抗炎无效，卵巢的炎性囊肿也可以进行手术治疗。