甲状腺内科和外科区别，主要是针对甲状腺的不同疾病进行处理的科室。甲状腺内科主要是用来处理甲状腺功能的异常，以及甲状腺良性结节、甲状腺炎，比如甲状腺功能亢进症、甲状腺功能减退症，需要进行药物治疗时，通常就诊于甲状腺内科。另外，桥本甲状腺炎、化脓性甲状腺炎、亚急性甲状腺炎，通常也先在甲状腺内科进行处理。
甲状腺内科可以帮助判断甲状腺结节的性质，如果是良性结节，通常并不需要去进行外科治疗。如果甲状腺出现体积较大，导致患者出现压迫症状，如呼吸和吞咽的困难，这个时候需要到甲状腺外科进一步的治疗，需要进行手术治疗。如果甲状腺结节在内科判断考虑是恶性结节，也需要去甲状腺外科进行手术治疗。